大拇指指甲根部凹陷一般是因为外伤、真菌感染、甲营养不良等原因所致，需要结合个人情况做针对性处理。
1、外伤如果大拇指的指甲曾经有过受伤史，比如门夹伤、重物砸伤等外伤情况，均容易导致指甲的甲板受到损伤，进一步可导致甲凹陷情况，一般随着甲板的恢复症状可逐渐消失，无需特殊处理。
2、甲营养不良甲营养不良常与遗传因素或者后天皮肤疾病等原因有关，导致指甲变薄、变厚、易碎或出现横沟，可以在饮食上多吃一些含高蛋白以及维生素的食物，比如鱼肉、西红柿、苹果等，有利于病情恢复。
2、真菌感染指甲受到真菌感染之后，会导致真菌在甲床内繁殖并造成破坏，导致指甲变形，形成凹陷，可以通过医生指导应用克霉唑软膏、伊曲康唑胶囊、酮康唑乳膏等药物治疗。
除了以上常见的情况，还可见于先天性胚叶发育不良、末梢循环障碍等原因，应及时查找病因，积极治疗。