下颌骨囊肿手术风险的大小是根据囊肿生长位置而决定的，如果囊肿局限在牙根端，这时候的手术范围就会比较小，危险性也会比较小，如果囊肿与周围解剖结构有一定关联的时候，手术过程中可能会触碰到其他器官时，手术范围就会比较广，这时的手术风险就会较大。在手术过程中的风险主要是出血、面部神经的损伤、骨折、双侧下颌角不对称等情况。
1、局限在牙根端这时候的手术范围相对会小很多，并且手术的难度也会小很多，这种情况下的手术通常只需要在局麻的情况下拔除牙齿，并且进行囊肿的刮除治疗。手术的效果是很好的，手术的创伤也会比较小，对于术后的处理也会很简单且术后的并发症也会很少见，手术过程也是十分的安全。
2、与周围有关联如果发生周围解剖结构的关联时，手术的范围就会大上很多，在处理的过程中，很可能会引起周围器官、组织的出血甚至是神经的麻木现象，所以具有一定的手术风险，需要通过X光、CT确定囊肿位置后再进行手术，尽可能避免术中可能会遇见的风险。