宝宝食物不耐受和过敏的区别主要在于诱发的机制不同、临床表现不同以及对应治疗不同。食物不耐受和过敏都是因为摄入某种食物或食物中某种成分引起的一种特殊的异常反应，通常好发于婴幼儿，建议家长及时明确宝宝病因在医生指导下对症治疗。
1、诱发机制不同食物不耐受是对特定食物或者食物成分产生的具有可重复性的lgG介导的免疫反应，通常可以经过特异性lgG水平检测发现；而过敏是指机体食入、接触或吸入某种食物蛋白引起的特异性免疫反应而产生炎症的一种疾病，一般可以通过体格检查、实验室检查等方法检查发现。
2、临床表现不同食物不耐受的临床表现主要以头痛、腹胀、腹泻、皮肤瘙痒或皮疹等症状为主，部分患者可诱发哮喘发作，严重时可出现休克反应；过敏的典型症状表现为胃肠道反应、皮肤反应、呼吸道反应、全身反应等，严重者可危及生命。
3、对应治疗不同食物不耐受可以在饮食上根据检测结果来调整改善，对于不耐受的食物可以正常食用，对于轻度敏感食物可以遵循间隔一段时间食用或不食用，对于中度敏感或高度敏感的食物应当忌食；过敏可以通过远离过敏原、服用药物等方式治疗，临床上常用的抗过敏药物主要有氯雷他定、苯海拉明、西替利嗪等，药物的用法用量须严格遵医嘱服用，以免出现不良反应。