吃了黄连素还是拉肚子，而且肚子疼，可能是因为药物剂量不足或有急性肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病等肠道疾病。建议患者积极治疗，并注意饮食卫生，不吃过夜、变质的食物，发病期间以清淡营养易消化的食物为主，如燕麦、芙蓉粥、鱼肉等食物。
1、患者拉肚子，肚子疼是因为肠道蠕动活跃所致，黄连素是属于一种止痢止泻的中成药，当药物剂量不足时，止泻效果就不会很好，从而出现吃了药还拉肚子的情况，若患者无发热畏寒、恶心呕吐，无便血，无消瘦等异常情况时，可参照药物说明书或医生的指导适量增加药物剂量。
2、当患者出现急性肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病等时，患者除腹泻腹痛外还可能会有发热、恶心、呕吐、消瘦、便血等情况。患者可至医院进行大便常规、大便培养、结肠镜等检查以确诊，并针对性治疗，如急性肠炎可加服左氧氟沙星或头孢克肟等药物抗感染，溃疡性结肠炎患者可口服美沙拉嗪、泼尼松、硫唑嘌呤等药物治疗，克罗恩病患者可服用硫唑嘌呤、英夫利昔单抗等药物治疗。