吃溏心蛋是可能会有细菌的。如果鸡蛋的生产过程中没有被细菌污染，那么溏心蛋也是不会有细菌的。一般从正规超市购买的、大规模工业化养殖的鸡蛋，存在细菌感染的可能性比较小，而土鸡蛋、草鸡蛋等不确定性就要大得多。
从安全角度来讲，鸡蛋充分加热煮熟，是最为安全的，因为鸡蛋是一种容易受细菌污染的食物，最常见的致病菌是沙门氏菌，这是一种怕热的细菌，而溏心蛋加热温度不够，就容易出现吃溏心蛋受感染的情况，从而危害人体健康。
经研究表明，鸡蛋加热到71°C以上时就可以充分杀灭致病细菌。蛋白的凝固温度在62摄氏度左右，蛋黄在68°C左右开始凝固，所以只要将鸡蛋加热到鸡蛋蛋黄完全凝固就能达到杀灭细菌的效果。