超声支气管镜检查如果是局麻的话就可能会有点痛苦，若全麻的话患者则不会感到痛苦。局麻因难以到达气道深部，所以检查的时候患者可能会因为支气管镜的刺激而出现恶心、呕吐、疼痛等不适，但全麻后患者和睡着了一样，根本感觉不到检查过程中的任何不适感。
超声支气管镜一般是在支气管镜的前面安装了超声探头，可以利用超声成像原理对病灶以及病灶周围的血管进行辨别，主要用于肺部中央型肿瘤的活检。做超声支气管镜检查后会咳一阵子血痰，血痰一定要吐出来，不然容易导致气道堵塞。检查后3小时不要喝水，避免因麻醉导致误吸，全麻患者术后24小时内不能开车。