通常情况下，经皮肾镜手术过程中，患者在全身麻醉的情况下，没有痛苦的感觉。术后麻醉效果过去后，患者可能会产生一定的疼痛感。
一般情况下，经皮肾镜手术进行之前，患者都需要进行全身麻醉，因此手术过程中，患者不会产生任何疼痛的感觉。在手术结束后，等麻醉的效果消失，患者可能会产生剧烈的疼痛，通常会维持一周左右的时间。如果疼痛难忍，建议患者及时在医生的指导下应用药物如布洛芬、酮洛芬等进行缓解疼痛。患者在做完手术以后应该注意多休息，避免过度劳累，禁止剧烈运动，保证充足的睡眠，多吃新鲜的水果蔬菜，清淡饮食，忌辛辣刺激，以免影响症状恢复。