通常情况下，肝囊肿手术存在一定的风险，但风险相对不大。无论大手术或者小手术都会存在一定风险，风险指的是有一定概率会发生的不良可能性，风险性越高发生不良影响的可能性越大。而手术存在的风险主要包括前期麻醉导致的风险、手术过程中出现的操作性或意外性风险以及术后发生的后遗症等风险，手术依据情况不同，风险性也有相对大小之分。
肝囊肿手术按照现在的医学技术发展水平，可以借助腹腔镜来进行，而不像早期技术不发达时期需要开胸进行，所以降低了患者的创伤面积，也减少了手术发生意外事故的可能性。通常患者在手术结束后1-2天便可以出院活动，该手术对患者的影响消除很快。