决明子味甘、苦、咸，性微寒，如若长期服用决明子会损伤身体的正气，尤其是女性长期服用还可能会出现月经不规律，严重者还可能导致子宫内膜不正常。由于决明子是寒性药材，所以脾胃虚寒、脾虚泄泻、低血压等患者不适宜服用决明子，以免加重病症。此外，决明子中含有大黄酚、大黄素等化合物等，长期服用后可能导致肠道病变，还有可能引起难治性的便秘。
决明子虽然不建议长期食用，但适量食用决明子可以起到清热明目，润肠通便的功效，可用于治疗目赤肿痛、畏光流泪、目暗不明，头痛，眩晕，肠燥便秘等症状。还可将决明子、菊花、枸杞一同泡茶做成药膳，可以起到清肝泻火、养阴明目、降压降脂的效果。