舌根囊肿要通过手术切除治疗。舌根囊肿是舌根里的腺体因为各种原因导致腺体阻塞使腺液无法排出，形成囊肿，压迫刺激周围组织。对舌根囊肿的治疗，要看囊肿的部位、大小和功能的影响。治疗期间及术后饮食要以清淡饮食为主，忌辛辣刺激性的食物。
1、小囊肿囊肿较小，没有症状且对功能没有影响，则进行保守观察，不要刺激摩擦囊肿位置，定期进行喉镜检查囊肿大小发展变化，如无变化，不需要特别治疗。
2、大囊肿会有咽部异物感并且出现吞咽及语言功能障碍，比较大的囊肿情况严重还会影响呼吸，则需要进行手术切除治疗。切除过程中需要进行全身麻醉放入支撑喉镜，将囊肿完整切除，对伤口进行严密缝合，切下来的组织最好做病理活检。术后创面容易出现感染或出血的风险，要注意口腔卫生，必要时服用抗炎药，避免出血或者感染的风险。