两岁小孩发烧39度可以在医生的指导下采取物理治疗、药物治疗等方式进行退烧处理，家长需要给小孩多喝水，满足机体的代谢需求，促进体内新陈代谢。饮食要以清淡为主，减少摄入刺激性、油腻性较强的食物，多吃一些新鲜的水果和蔬菜。
1.物理治疗此外患儿还可以通过用温水擦拭身体，通过水的挥发减少体内热量，减少衣服，通风散热，洗温水澡，局部使用退热贴等物理疗法缓解症状。由于两岁小孩皮肤较为敏感，不推荐使用酒精等刺激性较强的物质擦拭身体。
2.药物治疗患儿应当前往医院，在医生的指导下应用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚片、小儿氨酚黄那敏颗粒、抗病毒口服液等药物缓解症状。