经颅磁刺激对于治疗孤独症有一定的效果，因为经颅刺激对大脑的神经发育具有一定的刺激作用，通过将高聚焦的脉冲波集中于脑部的特定部位刺激神经细胞，从而达到治疗疾病的目的，对人的副作用较小，常见有头痛、耳鸣等，可能伴有一些头皮不适，大多数情况下较轻微，一般可以自行消退。
孤独症又名自闭症，主要特征是社交障碍，主要以康复训练为主，药物治疗为辅。康复训练如社会交往能力训练、语言功能训练、生活自理能力训练等，如果患者出现冲动、攻击行为、自伤等，可以在医生的指导下服用药物帮助缓解症状，如氟哌啶醇、利培酮等。平时可食用粗粮以及较为新鲜的蔬菜水果，如青菜、牛奶、花菜、鱼类等食物，清淡饮食，不可食用含有水杨酸或是过于刺激性的食物，多鼓励和多接触。