大部分的肝囊肿都不要紧，但是对于合并多囊肾的多发性肝囊肿应当注意。大部分患者是先天性肝囊肿，一般不会引起症状以及肝功能异常，无需处理。但合并多囊肾的多发性肝囊肿因为囊肿数量较多，会严重损害正常的肝组织，引起肝功能衰竭，门静脉高压等一系列变化，这种情况一般是通过手术治疗，晚期只能通过肝移植挽救生命。
一般出现肝囊肿明显增大，且伴有腹胀、腹部隐痛不适时考虑手术治疗。一种是在超声引导下，肝囊肿穿刺抽液即囊内液体注射，一般采用无水酒精注射。另一种是应用腹腔镜下或者开窗引流术，将囊壁细胞大部分予以切除，小部分无法切除的囊壁细胞用电凝灼烧，达到破坏囊壁细胞分泌囊液的功能，从而能够彻底的治疗肝囊肿。肝囊肿的患者日常要加强饮食的调理。日常生活中尽量以低脂，易消化，粗纤维，富含蛋白质的食物如稀粥，面条，米粉为主。还要适当的锻炼，保持良好的心态。尽量的戒烟戒酒，减少熬夜次数，避免过度的劳累。