康妇软膏是否会破坏菌群，需要根据使用的方式、频率进行判断，不能一概而论，如果短期内按医嘱使用，通常不会破坏菌群。如果长时间使用或使用不当，可能会破坏菌群。如果在使用康妇软膏时，出现异常情况，请立即停止使用，并及时前往医院就医，根据医生建议进行治疗。
康妇软膏属于中成药物，具有祛风燥湿、止痒杀虫、抗菌消炎等功效。如果在使用康妇软膏时，是短期使用，并遵医嘱使用棉签对外阴部位进行涂抹，通常情况下，不会对菌群造成影响。如果在使用康妇软膏时，是长时间使用，并且在使用时使用不当，没有遵医嘱正确使用，可能会破坏菌群，使菌群失衡，引起外阴阴道假丝酵母菌病的症状。
在日常生活中，使用康妇软膏时，要注意遵医嘱使用，避免私自滥用。同时要注意保持局部清洁卫生，每天用清水清洗局部，避免受到细菌感染，导致病情加重。