排卵期同房后两天小腹隐隐作痛可能是正常现象，也可能是动作过于粗暴、盆腔炎、宫颈炎、子宫肌瘤等其他原因造成的，应及时到医院就诊，明确病因后，在医生指导下进行针对性治疗。
1、正常现象：排卵期间体内激素水平发生变化，可能会导致少量子宫内膜脱落，出现少量出血、小腹隐隐作痛等症状，属于正常现象，一般不需要特殊治疗。
2、动作过于粗暴：同房可能会对女性的腹部造成一定的刺激，出现小腹隐隐作痛的情况，可以使用热水袋适当热敷5分钟~10分钟，起到缓解的作用。
3、盆腔炎：平时不注意个人卫生，细菌进入盆腔组织可能会诱发盆腔炎，患者在同房后两天会出现小腹隐隐作痛的情况，通常还会伴有阴道分泌物异常增多的症状，需在医生指导下使用阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗，能够起到消炎杀菌的作用。
4、宫颈炎：可能与激素、免疫、感染等多种因素有关，如果患有该疾病，患者在排卵期同房后可能会对宫颈部位造成一定的刺激，使患者出现小腹隐隐作痛的情况。需遵医嘱使用甲硝唑片、盐酸克林霉素胶囊等药物进行治疗，减轻炎症反应。
5、子宫肌瘤：是子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤，可能与遗传、激素、干细胞有关。瘤体增大，同房后可能会导致患者出现上述情况。必要时需在医生指导下通过肌瘤切除术和子宫切除术等手术方式进行治疗，能够起到一定的治疗效果。
在日常生活中，患者需要注意个人卫生，避免不健康的性生活，贴身衣物勤换勤洗，每晚可以使用40℃的温水清洗外阴部位。