腹透管口长出肉芽可以通过日常护理、及时消毒、药物治疗、物理治疗、手术治疗等方式进行处理，建议患者及时到医院就诊，在医生指导下采取相应的治疗措施。
1、日常护理：腹透管口长出肉芽时，患者需要加强生活管理，避免经常用手触摸，同时也要避免用手抓挠，定期更换衣物，保持创口清洁干燥。
2、及时消毒：患者还可在医生指导下使用生理氯化钠溶液进行局部冲洗，也可以遵医嘱使用过氧化氢溶液、碘伏等药物进行消毒，能够预防感染。
3、药物治疗：对于细菌感染的肉芽，可在医生指导下使用盐酸左氟氧氟沙星胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行治疗，能够减轻炎症反应，控制病情发展。
4、物理治疗：如果腹透管口长出肉芽的同时，伴有局部疼痛、肿胀等症状，可在医生指导下使用红外线疗法、微波治疗等物理方式进行治疗，能够促进局部的血液循环，减轻肿胀的症状。
5、手术治疗：如果肉芽增生比较严重，可以在医生指导下通过手术切除，切除后需要注意局部卫生，避免感染。
在日常生活中，患者还需要注意加强营养，可以适量吃小米粥、南瓜粥等清淡、易消化的食物，能够帮助身体尽快恢复。