结石一般大于2cm的时候是必须做手术的，但是结石是否需要手术，并不完全取决于结石的大小，还要考虑部位等因素。如果结石为小于2cm，且大于0.6cm的结石，位于肾盂或者肾上盏、中盏等处，可以考虑体外碎石。肾下盏结石如果小于1cm，可以首选体外碎石，1cm-2cm之间，如果排除体外碎石的不利因素，也可以首选体外碎石。对于体外碎石定位困难的X线阴性，小于2cm的肾结石，可以考虑进行输尿管软镜手术。对于大于2cm的结石，一般考虑做手术，但不是所有小于2cm的结石就不需要做手术了，因为结石是否做手术要结合生长的位置、状态、症状来综合判断。
另外，对于体外碎石术后残留的肾下盏结石，结石坚硬，不利于体外碎石的肾盏憩室内结石，还有合并肾盂旁囊肿的肾结石、极度肥胖严重的脊柱变形、异位肾，而经神经通道建立比较困难的患者，也可以考虑输尿管软镜碎石。但是对于大于2cm的大部分结石，可以考虑经皮肾镜碎石取石术，处理结石会比较快，效率也比较高。对于无症状、无梗阻的肾盏结石、憩室结石、髄质海绵肾患者，还有结石导致患肾无功能、无症状，对侧肾功能正常的患者，以及存在体外碎石、手术禁忌症的患者，首选非手术治疗。