一般情况下，怀孕初期分泌物是褐色可能是由于阴道炎、宫颈炎等原因导致，可以通过应用药物、手术等方式进行治疗。
1.阴道炎细菌感染、药物刺激、不注意个人卫生等原因都可能会导致阴道炎的出现，临床表现为分泌物异常、瘙痒、气味异常等症状，所以会出现怀孕初期分泌物是褐色的现象。可以在医生指导下使用雌三醇软膏、替勃龙、诺氟沙星等药物进行治疗。
2.宫颈炎激素水平失调、病原体感染、化学药物刺激等原因都可能会出现宫颈炎的出现，症状发作时可能会导致出现阴道分泌物增多、疼痛、灼热感等，所以会出现怀孕初期分泌物是褐色的现象。可根据医嘱应用左氧氟沙星、莫西沙星、阿昔洛韦等药物进行治疗，病情严重时可以采用息肉摘除术等方式进行治疗。