通常情况下，孩子突然发烧39度可能是由于扁桃体炎、尿路感染等原因导致，建议患者及时带孩子就医检查，一般可以通过应用药物、手术等方式进行治疗。
1.扁桃体炎自身免疫力下降、病毒感染、过度劳累等原因，都可能会出现扁桃体炎，临床表现为发热、呼吸困难、吞咽困难等症状，所以会出现孩子突然发烧39度的现象。可以在医生的指导下使用青霉素、复方硼砂溶液、复方氯己定含激液等药物进行治疗，同时病情严重较为严重时扁桃体剥离术等方式进行治疗。
2.尿路感染支原体侵入、自身免疫异常等原因，可能会引发尿路感染，病情发作时可能会导致患者出现发热、尿频、下腹疼痛等症状，所以会出现孩子突然发烧39度的现象。可根据医嘱应用氧氟沙星、环丙沙星、头孢呋辛等药物进行治疗。