一般情况下，女性在怀孕期间可以在医生的指导下适当使用益生菌，避免过量使用。怀孕时的孕妇适量吃益生菌有一定的好处，肠道中的益生菌可以产生较多消化酶，进而使孕妇所食用的食物分解成许多营养物质，促进孕妇的消化、吸收，加快孕妇的新陈代谢。其次益生菌可以帮助肠道的维持菌群环境，有抑制害菌生长的作用，还可以防止废物在肠道当中堆积，有助于避免便秘的情况。
在使用益生菌时，孕妇应当注意避免过量使用，这是因为人体本身便可以产生益生菌，如果在没有任何症状的情况下是不建议使用的，否则可能会导致人体逐渐失去生成益生菌的能力，并对外来摄入的益生菌产生依赖。此外过多食用还可能会导致孕妇出现乳糖不耐受的情况，提高孕妇患上妊娠期糖尿病的风险。怀孕期间孕妇应均衡饮食，建议多吃一些新鲜蔬果、乳制品、豆制品等，并适当进行运动。