三个月的婴儿晚上不睡觉，并且出现哭闹的原因可分为非病理性原因和病理性原因，如：饥饿、排便、卧室环境不好以及消化不良、感冒、缺乏微量元素等。
1.非病理性原因比如说饥饿、宝宝排便、卧室温度不适宜都可能会导致宝宝出现哭闹以及不睡觉的表现。而对于这种情况，只要及时进行针对性改善即可。
2.病理性因素比如说消化不良就会导致宝宝出现这种症状，而对于这种情况，可以考虑应用健胃消食片等药物进行治疗。还有就是感冒也会导致宝宝出现睡不好、哭闹不止的症状，可以在医生的指导下采取小儿感冒颗粒等药物进行治疗。另外，缺乏钙元素等微量元素同样会导致宝宝不睡觉、睡不踏实、多汗等症状。需要及时就医检查，并在医生的指导下采取葡萄糖酸钙等钙剂进行补充。总之，具体如何治疗，必须谨遵医嘱。