做核酸喉咙痛通常为一过性疼痛，经过咽喉部位休息及饮水后可有效缓解疼痛。由于核酸检测通常使用咽拭子进行检测，需取咽喉部位分泌物标本，部分咽喉部位较为敏感的受检者，有可能在做核酸检测时，造成咽喉部位损伤，进而出现喉咙红肿、疼痛等症状。该症状通常无需特殊治疗，经过休息，避免过度用嗓，并且采取多饮水后，可有效缓解。
若咽喉部位疼痛持续或加剧，有可能是在做核酸过程中，棉签导致咽喉部位破损，出现局部红肿发炎，通过饮水和休息恢复欠佳，建议居家进行休息，在使用说明书的情况下使用药物缓解疼痛，常用药物有布洛芬、塞来昔布等。但上述药物仅供参考，具体需遵医嘱使用。