一般来说，抗原检测可以由于多种因素发生假阴性。抗原检测假阴性就是指检验者身体内携带病原体，检验结果本应该是呈阳性，可是最后却展现出阴性结果。在开展抗原检测时，一定要保证取样全过程、检验方法及自然环境合适，那样能够减少抗原检测假阴性的几率。
抗原检测发生假阴性的因素有可能是由于从血液、尿液、鼻咽部、口咽、胃等采样时未能得到病原体，或是抽样中被检者携带的病原体总数太少，造成病原体检查结果显示为假阴性。针对同一个受检者，不一样厂家生产的抗原检测试剂在影响因素不一样的情形下，很有可能会造成假阴性。一般来说，抗原体检测必须在细菌及病毒感染者携带病原体量比较大、感染性较高的过程中才可以测到阳性。例如，新型冠状病毒的抗原检测在一周内灵敏度较高，更适用于给病发第一周的群体应用。