抗原第一次阳性第二次阴性，有可能是第二次检测结果有误差造成假阴性，也可能是没有感染，第一次检查结果为假阳性，这些情况应重新进行抗原检测。如果抗原检测处于病原体的潜伏期，那么也会导致抗原第一次阳性第二次阴性的现象。被检者不必过分担心焦虑，可去其他不同的医疗机构进行抗原检测，以确保检测结果的准确性。
1、如果在第二次抗原检测采样时操作不规范或检测时样本受到污染等，可能会导致抗原检测假阴性，出现第一次阳性第二次阴性的结果。
2、经过灭活处理后制作的疫苗含有病原体的基因片段，在接种疫苗的过程中，疫苗可能会污染接种地点，使得接种者鼻腔中存在细菌或病毒的核酸片段，同时接种者血液中含有相应的病原体抗原。在接种病原体灭活疫苗后立即做病原体抗原检测，虽然没有感染，但可能会导致假阳性，发生抗原检测第一次阳性第二次阴性的状况。