古尼虫草和冬虫夏草之间区别主要体现在头部、虫体、足部、子座以及气味等方面，两者都是营养价值较高的药材，两者外形相似故而古尼虫草会被拿来冒充冬虫夏草。古尼虫草多来自我国贵州、安徽等地，冬虫夏草多来自西藏、青海等高海拔地区。
1.头部不同古尼虫草的头部是紫黑色或红黄色，而冬虫夏草眼睛是棕红色或棕黄色，头部处出现渐变色。
2.虫体不同古尼虫草虫体比较像蚕，虫体的嘴巴尖，表面有白点并且粗糙。冬虫夏草表面没有白点，表面环纹明显。
3.足部不同古尼虫草近头部有3对足，中部有4对足，尾部有1对足，但足并不突出。而冬虫夏草腹部处有四对足，有明显棱角是突出的。
4.子座不同古尼虫草的子座头部有分支且膨大，而冬虫夏草头部颜色由棕变黑，形状由粗到细。
5.气味不同古尼虫草有一股淡淡的鱼腥味，闻的久了会恶心。而冬虫夏草虽有腥味，但闻久了具有清脑醒目的作用。