一般情况下，新型冠状病毒抗原检测通常测的是核衣壳蛋白。新型冠状病毒的抗原的结构蛋白主要有4种，分别是刺突蛋白、核衣壳蛋白、包膜蛋白、膜蛋白。核衣壳蛋白的表达量相对较高，也更容易发生变异，因此对核衣壳蛋白进行检测，能达到较为准确的结果。患者在做抗原检测呈阳性时，可以再进行核酸检测，能够准确的判断是否被新型冠状病毒感染。
需要注意的是，在进行抗原检测时，应选用经过国家药品监督管理部门批准的检测试剂，进行采样时，要选取在清洁卫生的环境中，清理干净鼻涕、口水，鼻拭子插入的深度要在1厘米以上，停留时间大于15秒。采样后可以将拭子插入提取液中，确保所有样本进入溶液，静置1分钟左右的时间，然后对照说明，判断检测结果。在不清楚抗原检测试剂具体应用方法时，应向医生或相关工作人员寻求帮助，确保结果无误。