一般情况下，12岁女孩短裤上有黄绿色分泌物可能是生理现象、尿路感染、阴道炎等原因导致的。一般可以通过一般治疗药物治疗等方式进行治疗。
1.生理现象因为12岁女孩会有分泌物，同时有尿液和粪便排泄物可能会残留才短裤上，所以导致短裤上有黄绿色分泌物。此时属于正常现象，但应按时清洗内衣、保持私处卫生。
2.尿路感染12岁女孩尿路感染，是粪便中细菌进入泌尿系统，并沿尿道上行，从而造成感染，可能会导致短裤上有黄绿色分泌物的出现。一般可在医生指导下使用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物进行治疗。
3.阴道炎当12岁女孩雌激素水平过低或阴道内有异物都可能会导致出现阴道炎，也有可能母亲患有阴道炎，和母亲的内衣一起洗时，可能会导致交叉感染，使12岁女孩短裤上有黄绿色分泌物。一般可在医生指导下使用甲硝唑片、替硝唑片等药物进行治疗。