宝宝发热39度手心发热可能是阴虚内热、病原菌感染等原因导致，可以使用药物治疗、物理治疗进行改善缓解。并建议及时就医，在医生指导下进行相应处理。
1.阴虚内热宝宝发热39摄氏度导致体内阴虚火旺盛，因宝宝年纪小，身体调节功能尚未完善，导致体内阴阳失衡，阴液不足使虚火上升至手心，就会出现手心发热的症状。可以在医生的指导下应用知柏地黄丸、六味地黄丸等药物进行改善治疗。
2.病原菌感染宝宝年纪小，新陈代谢循环较慢，免疫力较差，一旦病原菌侵入身体可能无法对抗，从而导致宝宝手心发热。身体家长可以使用温水擦拭或温水泡浴等方法给宝宝降温，还可以在医生的指导下应用头孢克肟片、阿莫西林胶囊等药物进行改善治疗。