通常情况下，牙齿药棉花塞了三个月了，是有问题的。牙齿用药并塞棉花通常是做完根管治疗或拔牙手术后进行创口恢复用的，在创口愈合后就应取下，因为棉花属于异物，放置口腔内时间过久可能会导致细菌或病毒滋生引发感染。另外，塞入的药多为消炎药，如不及时取出可能会产生耐药等不良状况。所以牙齿药棉花塞三个月了多是有问题的。
牙齿塞药和棉花期间注意避免食用质地坚硬的食物，避免外力撞击。饮食保持清淡，忌辛辣刺激油腻的食物，多吃富含优质、维生素、膳食纤维的食物如鸡蛋、新鲜的蔬菜水果、瘦肉等，保持口腔卫生，使用软毛牙刷刷牙，坚持饭后漱口，一定程度上有助于降低感染风险。