通常情况下，眼睛里长了很多水泡可能是由于疱性角结膜炎、结膜囊肿等原因导致，确诊后一般可以遵循医嘱通过应用药物、手术等方式进行治疗。
1、疱性角结膜炎通常疱性角结膜炎是由于细菌感染、外物刺激等原因引起，常伴有眼睛异物感、眼睛有红血丝，严重者会看见结膜处有小水泡等症状，一般可以在医生指导下通过应用醋酸可的松滴眼液、滴眼用利福平等药物方式进行治疗。若病情严重，也可以在医生建议下通过眼睑内翻矫正术、角膜移植术等手术方式进行治疗。
2、结膜囊肿通常结膜囊肿是由于遗传、寄生虫感染等原因引起，常伴有角膜有透明隆起、能够清晰看到血管纹路等症状，所以可能造成眼睛里长了很多水泡的现象，一般可以在医生指导下通过应用注射用博来霉素、注射用丝裂霉素等方式进行治疗。