通常打完第三针疫苗后腋窝疼可能是由于疫苗反应、腋下淋巴结肿大等原因导致，一般可以通过理疗、应用药物等方式进行治疗。
1、疫苗反应通常疫苗反应是由于肌肉紧张、针头刺激等原因引起，常伴有疼痛、红肿等症状，所以可能造成打完第三针疫苗后腋窝疼的现象，一般可以通过热敷、按摩等方式进行改善。在打完疫苗后需要注意避免饮酒，避免吃辛辣刺激性食品，注意水分补给和清淡饮食。
1、腋下淋巴结肿大通常腋下淋巴结肿大是由于感染、肿瘤等原因引起，常伴有疼痛、异物感吧等症状，所以打完第三针疫苗后腋窝疼可能是腋下淋巴结肿大所致，一般可以在医生指导下应用罗红霉素片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。患者日常调整作息，保持充足睡眠，多喝水，注意局部卫生。