一般情况下，深睡眠持续时间短可能是由于睡眠环境差、神经症、神经衰弱等原因引起的，患者可在医生的指导下通过应用药物、改善生活习惯等方式进行治疗。深睡眠持续时间短也有可能是其他原因导致的，建议患者及时去医院进行检查，明确病因后进行治疗，避免出现不良影响。
1、睡眠环境差如果在睡觉时环境比较吵闹，或者处于潮湿、拥挤的环境中睡觉，可能出现深睡眠，但持续时间短的现象。建议在日常生活中注意室内通风，保持空气清新，同时在睡觉前多听音乐，有助于睡觉。
2、神经症神经症可能是由于精神高度紧张、近期工作及学习压力过大等原因导致的，当神经功能异常时，一般会伴随出现头晕、恶心、深睡眠持续时间短、莫名心慌、焦虑、抑郁等症状。患者可以在医生的指导下应用盐酸帕罗西汀片、地西泮片、氯硝西泮片等药物进行治疗。
3、神经衰弱神经衰弱可能是由于患者个人精神紧张、精神压力过大所导致的，大脑神经过于紧张。一般会伴随着情绪低落、大脑易疲劳、深睡眠持续时间短、情绪波动较大等症状。患者可以在医生的指导下应用安神补脑液、心神宁片等药物进行治疗。患者在入睡前放松心情，可以在睡前喝一杯热牛奶，或者用热水泡脚，从而缓解症状。
除上述原因以外，深睡眠持续时间短有可能是睡眠障碍等因素所致，建议患者即使在医生的指导下进行治疗。