一般情况下，睡醒之后腋下疼可能是毛囊炎或者腋下淋巴结发炎等原因引起，建议通过应用药物、改善生活习惯等方式治疗。
1.毛囊炎熬夜、不洗澡或者穿着透气性差衣物等原因可能引起毛囊炎，可能伴随皮疹、瘙痒及疼痛等表现，睡醒之后腋下疼可能是毛囊炎引起，建议遵医嘱应用莫匹罗星软膏、阿莫西林胶囊等药物治疗。日常，注意个人卫生，勤洗澡勤换衣物，选择舒适透气的衣物，同时规律作息。
2.腋下淋巴结发炎上肢及肩颈部皮肤感染等原因可能引起腋下淋巴结发炎，常伴随包块、疼痛等表现，所以睡醒之后腋下疼考虑是腋下淋巴结发炎引起，建议遵医嘱应用头孢克肟分散片、阿奇霉素分散片等抗生素药物治疗。