小孩发烧只有肚子和腋下温度高可能是由于机体代谢增快、消化不良引起的发热、着凉感冒等多种因素导致的，应及时采取药物治疗等方法先将体温降下来。
1.机体代谢增快腋下温度高说明正处于发烧的情况，当小孩发烧时，身体的温度会变高，而腹部的血液循环基础代谢率也在增快。进而出现小孩发烧，只有肚子与腋下温度高的情况。可遵医嘱使用对乙酰氨基酚栓、布洛芬混悬液等药物来治疗。
2.消化不良引起的发热当小孩食用过多会使食物大量聚集在胃肠而不易被消化、吸收，可能会滋生细菌，进而引起感染，并出现只有肚子、腋下温度高的情况，小孩积食发烧经常会表现为腹部隆起、腹胀等表现，可遵医嘱使用布洛芬混悬液、健胃消食片等药物来治疗。
3.着凉感冒可能是由于受凉等因素使病毒细菌入侵机体并引发炎症，而炎症会使上呼吸道黏膜充血，此时体内免疫反应活跃，容易使代谢加速，导致热源出现，从而使体温升高，造成腋下温度偏高，正常情况下，宝宝在发热时肚子的温度比其他部位的温度更高，进而出现肚子温度高的情况，可遵医嘱服用对乙酰氨基酚口服溶液、小儿氨酚黄那敏颗粒等药物来治疗。