宝宝睡觉不发烧醒来发烧可能是由于体温调节中枢系统不完善、环境因素、病毒感染等多种因素引起的，需要根据具体情况来给予相应的治疗。
1、体温调节中枢系统不完善可能是由于宝宝年龄较小，体温调节中枢系统发育尚不健全，体温容易受到外界环境影响出现偏高或偏低，进而出现宝宝睡觉不发烧，醒来发烧的情况。一般可自行缓解，无需特殊处理。
2、环境因素可能是由于室内温度较高、较低或盖的被子较厚等因素容易引起宝宝出现不适感，进而出现宝宝睡觉不发烧醒来发烧的情况，可遵医嘱使用小儿退热口服液、小儿氨酚黄那敏颗粒等药物来治疗。
3、病毒感染由于宝宝的免疫系统不完善，容易受到外界病毒的侵袭，并引发炎症，引起的机体免疫性反应，进而出现宝宝睡觉不发烧醒来发烧的情况，可遵医嘱使用布洛芬混悬液、小儿退热合剂等药物来治疗。