一般情况下干木耳比鲜木耳更有营养，不具有一定的科学依据。主要是由于干木耳与鲜木耳在营养成分方面并没有显著的差别，但在食用安全性方面，干木耳食用后相对比鲜木耳更安全。由于干木耳在晒制过程中有害物质会相对减少，而鲜木耳表面含有一种感光成分，当经过太阳照射可能会引起皮肤不适。
木耳含有丰富的碳水化合物、粗纤维、蛋白质、矿物质等多种营养成分，由于木耳含有较多的粗纤维，适量食用木耳可以促进肠道蠕动，对改善消化不良有一定的作用。但不可过量食用，由于木耳含有较多的粗纤维，若腹泻者食用，容易加重肠胃负担，引起肠胃不适。一般会有部分人群对木耳过敏，因此，对木耳过敏的人群应尽量避免食用，以免引起过敏反应。