幼儿突然发烧39℃可能是扁桃体炎、急性胃肠炎等原因导致的情况，也可能是由于幼儿急疹出现的情况，需要明确病因，对应治疗。
1、扁桃体炎宝宝受到细菌或者病毒等病原微生物感染时，可能会出现扁桃体发炎的症状，使机体出受到一定的刺激，造成下丘脑的体温中枢出现异常，导致幼儿突然发烧39℃，可以在医生的指导下使用阿莫西林胶囊等药物来治疗。
2、急性胃肠炎若幼儿进食不干净的食物，或者感染细菌、病毒时，可能会出现急性胃肠炎的情况，造成幼儿突然发烧的症状，可以在医生的指导下使用复方木香小檗碱片来治疗。
3、幼儿急疹主要是感染了病毒，导致发热比较急剧，伴有点状的皮疹，一般为热退疹出，可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液等药物来进行治疗。