三岁孩子半夜哭闹可能是由于腹部消化不良或者缺乏钙质等原因引起的，家长需根据孩子的病情选择治疗方式。
1、消化不良。如果孩子在白天吃的较多寒凉、油腻的食物或者是没有做好护腹部保暖，可能会导致孩子肠道内菌群紊乱，出现腹痛腹胀的症状，可能会导致三岁孩子半夜哭闹。家长可在医生指导下给孩子服用促进消化的药物治疗，常用的药物有枯草杆菌二联活菌颗粒、地衣芽孢杆菌活菌颗粒等药物，可缓解症状。
2、缺乏钙质。如果孩子平常挑食或者家长没有给孩子额外补充钙剂，会导致孩子体内缺乏钙质。当孩子缺钙时，体内的血钙浓度会降低，会导致孩子大脑神经处于兴奋的状态，从而引起了孩子半夜哭闹、惊醒等症状。需在医生指导下服用儿童补钙药物缓解，常用的药物有葡萄糖酸钙口服溶液、醋酸钙颗粒等。