宝宝每次半夜3点就开始闹可能是由于缺乏微量元素的原因导致的，也有可能是由于肠胃功能紊乱等原因引起的，建议明确病因后进行后期的治疗。
1.缺乏微量元素宝宝缺乏微量元素，可能是由于饮食习惯或者厌食等原因导致的，导致宝宝出现烦躁、哭闹等症状，建议到医院通过外周静脉血化验的方法，检查宝宝的身体状况，是否缺乏微量元素，如果确诊缺乏微量元素，建议在医生的指导下用药。
2.肠胃功能紊乱常见的原因是由于喂奶过多、饮食不规律等情况导致的，可能会出现腹痛、腹泻的症状，导致宝宝每次半夜3点就开始闹，宝宝喂奶的时候一次不建议喂太多，可以少食多餐，以免肠胃功能紊乱，日常生活中，建议间隔三个小时左右喂奶一次，能够改善肠胃功能紊乱的情况。