咖啡和益生菌一般能一起喝，两者同时食用一般不会产生不良症状，咖啡中含有一定的咖啡碱成分，可以对大脑皮层产生一定的刺激性，在一定程度上可以起到提神的作用。其中含有碳水化合物、无机盐等成分，可以为机体提供一定的能量。益生菌在一定程度上具有调节肠道菌群的作用，改善肠道内的环境，对于腹泻、便秘等症状有一定的缓解作用。但是要适量食用，不可过量，以免出现腹泻、腹胀等消化不良的情况。
由于咖啡对机体会产生兴奋性，因此孕妇以及哺乳期的妇女、心脏病患者要禁止食用，避免产生不良症状。若存在失眠症状的患者也要禁止食用咖啡，可能会加重失眠的症状。在食用咖啡和益生菌时要适当，不可过量，以免出现不良情况。部分在食用咖啡后可能会出现多尿的情况，在停止食用后症状会逐步消失。