长期吃益生菌导致菌群紊乱一般是可以吃药的，其可以促进肠胃菌群平衡以及增强肠道消化功能，有利于病情的恢复。
长期吃益生菌会导致肠道内菌群失调，同时还容易造成小肠细菌增长，引起肠炎等疾病。菌群紊乱的情况可以在医生的指导下服用双歧杆菌四联活菌片、乳酸菌素片、布拉氏酵母菌散剂等药物，可以促进肠道菌群平衡，同时增强肠道的消化功能，有利于缓解患者出现的不适症状，故长期吃益生菌导致菌群紊乱是可以吃药的。
患者应注意避免长时间吃益生菌，同时应注意饮食以清淡且易消化的食物为主，可以多吃一些含膳食纤维丰富的食物，保持良好的饮食习惯，并且注重饮食规律，避免出现暴饮暴食以及过度进食辛辣刺激类食物。患者应时刻注意身体情况，保持良好的生活习惯，避免辛辣刺激类食物，同时保持规律的饮食时间。