每天早上小肚子两边疼一般是由着凉导致的，也可能是十二指肠溃疡等消化系统疾病引起的，若是着凉导致的患者一般无需过度担心，如果是十二指肠溃疡引起的患者可在医生建议下进行对因治疗。
1.着凉每天早上小肚子两边疼可能是着凉导致的，一般是由于患者免疫力低下或不注意保暖引起的着凉，长期着凉可能会引发每天早上小肚子两边疼的症状，也可能会出现头痛、发热、浑身乏力等症状。患者一般无需过度担心，建议患者在平时做好腹部的保暖，养成良好的饮食习惯，尽量食用清淡且容易消化的食物，避免吃生冷食物。
2.十二指肠溃疡一般是由于患者长期暴饮暴食或酗酒引发胃酸分泌过多，导致胃排空速度加快以及十二指肠黏膜抵抗能力下降，从而引发十二指肠溃疡，故出现每天早上小肚子两边疼的情况，可能还会出现腹胀、呕吐等症状。临床上通常采取复方氢氧化铝片、碳酸氢钠片等药物治疗，应谨遵医嘱用药。