头疼肠胃不舒服可能是由于胃肠功能失调、慢性胃炎等疾病导致的，建议在医生的指导下，通过口服药物治疗。
1.胃肠功能失调。胃肠功能失调通常是由于肠道中的菌群发生紊乱引起的，经常表现出头疼、腹痛、胃部不适感、恶心、呕吐、腹胀等不良症状，可以在医生的指导下，通过口服双歧三联杆菌活菌胶囊、曲美布汀片等药物治疗，平时建议多吃一些容易消化的食物，比如小米粥、面条等，同时可以多吃西红柿、苹果等新鲜蔬菜和水果。
2.慢性胃炎。慢性胃炎一般是指多种不同的原因导致的一种胃黏膜慢性炎症，通常是由于幽门螺杆菌感染引起的，经常表现出胃部不适、腹痛、腹胀、头疼等不良症状，可以在医生的建议下使用药物治疗，常见的药物有奥美拉唑肠溶胶囊、雷尼替丁片等。