早上起来上完厕所小腹胀痛可能是由于肠道痉挛或泌尿系统感染等因素导致的，建议及时去医院就诊，在医生的指导下根据病因使用药物进行治疗。
1、肠道痉挛。如果平时饮食不当，进食了辛辣、油腻、生冷等刺激性的食物或者睡觉时腹部着凉，可能会导致肠道痉挛，出现早上起来上完厕所小腹胀痛的现象。可以使用热毛巾热敷腹部，如果症状没有得到缓解，也可在医生的指导下使用山莨菪碱片、二甲硅油片等药物进行治疗，以缓解患者的肠道痉挛症状。
2、泌尿系统感染。如果生活在大肠内的细菌进入尿道，会上行进入膀胱或肾脏，并引起感染，从而造成泌尿系统感染，出现尿痛、尿频、腹胀、腹痛甚至发热等症状。可以在医生的指导下使用甲氧苄啶片、盐酸非那必定胶囊等药物进行治疗。