孩子睡觉肩膀不自主地抖动可能是由于心理因素、小儿抽动症或者缺乏维生素D等原因导致的，可以带孩子到医院进行相关的检查，根据孩子的具体情况在医生的指导下进行治疗。平时可以带孩子到户外进行适当运动锻炼身体，比如打球、跑步等，能够增强体质。
1、心理因素由于孩子的心理承受能力比较低，在犯错时如果受到老师或者家长的批评，孩子的内心会受到打击，情绪过于激动，出现孩子睡觉肩膀不自主抖动的情况，建议不要给孩子造成太大的压力，家长应言传身教，遇到事情要乐观的面对，给孩子一个良好的成长环境。
2、小儿抽动症孩子睡觉肩膀不由自主地抽动可能是由于小儿抽动症引起的，小儿抽动症的主要表现通常指的是突然多发性抽动和秽语，还有的会造成社交、学习方面的障碍，严重的情况会失去生活自理能力，可以在医生的指导下口服舒必利片、利培酮片或者盐酸硫必利片等。
3、缺乏维生素D由于孩子处于生长发育时期，需要补充维生素D，如果维生素D不足，可能会影响神经的发育出现神经兴奋性过高，引起抖动的情况，可以在医生的指导下补充维生素AD滴剂、维生素D胶囊等。