婴儿凌晨三点醒来不睡觉可能是饮食因素、环境因素或缺乏钙剂引起的，要根据婴儿的身体情况进行调理，缓解症状。
1、饮食因素婴儿凌晨三点醒来不睡觉，可能是由于在睡前没有吃饱，身体处于饥饿状态引起的，建议在婴儿睡之前，将其摄入充足的奶量，可能会缓解症状。
2、环境因素可能是室内的温度过低或过高，环境过于嘈杂，室内的光线较亮，有可能会影响婴儿的睡眠质量，从而导致婴儿凌晨三点醒来不睡觉。建议婴儿睡眠环境的光线不要过亮，家长可以给婴儿营造舒适、安静的睡眠环境，可有效缓解婴儿凌晨三点醒来不睡觉的症状。
3、缺乏钙剂婴儿凌晨三点醒来不睡觉可能是身体缺乏钙剂引起的，导致神经肌肉兴奋性增高，影响睡眠，可能还会伴有多汗、枕秃、方颅等症状。可在医生的指导下使用药物进行缓解，如赖氨酸磷酸氢钙颗粒、小儿碳酸钙D3颗粒、葡萄糖酸锌钙等药物，可有效缓解婴儿凌晨三点醒来不睡觉的症状。