早上喝完酸奶肚子疼考虑是由乳糖不耐受导致的，也不排除是由肠炎等消化系统疾病导致的。需要在医生明确病因的情况下进行治疗。
1.乳糖不耐受乳糖不耐受也叫乳糖酶缺乏症。一般是由于部分患者先天性乳糖酶缺乏，会导致奶制品中的乳糖与肠道直接接触，而肠道无法直接吸收该物质，会造成较大刺激，因此会出现早上喝完酸奶肚子疼的现象。一般无需过度担心，建议乳糖不耐受的患者避免短时间大量摄入乳糖含量高的食品。
2.肠炎一般是由于细菌感染或不良饮食习惯引起的肠道炎症反应，会导致胃肠黏膜受损，蠕动加快，而酸奶会对胃肠黏膜造成一定的刺激，从而导致肠炎。因此会出现早上喝完酸奶肚子疼的现象，可能还会伴随恶心、呕吐、腹泻等症状。建议患者在医生指导下使用左氧氟沙星片、美沙拉嗪肠溶片等药物治疗，药物过敏者禁用。