艾滋病病毒是一种变异性很强的病毒，其变异的原因有：逆转录酶的非正向作用、宿主的免疫选择压力、病毒与宿主的基因重组，以及药物的选择。其中，抗病毒药物使用不当是引起耐药性突变的主要因素。艾滋病病毒的变异在细胞亲和度、复制效率、免疫逃逸、临床表现等方面都发生了显著的改变，能够及时识别、识别不同类型的艾滋病病毒，为跟踪流行趋势、作出及时的诊断依据。
艾滋病病毒极易变异，极易产生抗药性，所以即便同为艾滋病感染者，也要尽量避免无避孕套的行为，以免感染上不同类型的艾滋病。艾滋病的不同类型可能会相互传染，它携带多种基因亚型，可以缩短潜伏期，提前发病。另外，在疾病发生时，多基因艾滋病感染者的抗病毒药物也不能起到很好的作用，所以要尽量避免交叉感染。