甲鱼蛋一般没有副作用。甲鱼蛋中含有较为丰富的蛋白质、钙离子、卵磷脂以及氨基酸，适量食用可在一定程度上增强人体的免疫力，促进机体新陈代谢，同时，还能对降血压、降血脂起到一定的帮助作用。而且甲鱼蛋中的维生素E含量比较丰富，对于皮肤干燥、眼干、眼涩等症状有比较好的改善作用。
如果过量食用甲鱼蛋可能会导致食物堆积过多，其中的营养物质无法被完全吸收，从而加重胃肠负担，引起消化不良的情况，若症状比较严重，还可能会刺激胃肠道黏膜，引起腹胀、腹痛等不适现象，从而对机体造成不良影响。在日常生活中要适量食用甲鱼蛋，保证营养均衡，以免出现营养不良的不良后果，但对海鲜过敏的人群应避免食用甲鱼，以免引起过敏反应。