一般情况下，幽门螺旋杆菌治疗一个疗程后仍然口臭，可能是由于未治愈、消化不良或牙周炎等口腔疾病引起的，通过药物治疗和改善生活方式等方法进行处理。
1.未治愈通常幽门螺旋杆菌的治疗需要通过三联疗法、四联疗法等方式进行治疗，但不是所有患者经过治疗后便可治愈，所以可能出现幽门螺旋杆菌治疗一个疗程后仍然口臭的表现。建议患者及时就医复查，若确诊病症未治愈，建议根据医嘱继续进行治疗。
2.消化不良消化不良通常是不良的饮食习惯导致的，可能会出现口腔异味、腹胀等症状，所以在幽门螺旋杆菌治疗后，仍然会出现口臭的现象，可根据医嘱使用健胃消食片或多潘立酮片等药物进行治疗。建议在日常生活中应适当控制饮食的摄入量，避免进食高脂肪含量的食物，如蛋糕、巧克力等，避免加重胃肠道的
负担。
3.牙周炎幽门螺旋杆菌治疗一个疗程后仍然口臭，也可能是患者本身患有牙周炎所致，通常会出现牙龈发红、肿胀、口臭等现象，可根据医嘱应用阿莫西林片或红霉素肠溶片等药物进行治疗，建议在每天吃完饭后可适当用清水漱口，防止口腔内有食物残留。